Een klassiek aquaponics systeem werkt zogenaamd gekoppeld.
Dat betekent dat er een gesloten kringloop is tussen de vistanks en de groeibedden.
Het water gaat van de vis naar de groeisystemen en vandaar terug naar de vistanks, eventueel via een filter.

Dit systeem heeft enkele voordelen t.o.v een ontkoppeld systeem:

• Er is een rijkere biodiversiteit en dus een stabielere balans in de verdeling van nutriënten.
• Het is eenvoudiger en dus ook goedkoper
• Bij gebruik van eb- en vloedsystemen komen vaste deeltjes in de groeibedden, die het systeem kunnen verrijken.

Het heeft ook enkele nadelen:

• Er is geen scheiding tussen de temperatuur van groeisystemen en viswater. Dit beïnvloed de keuze van vis en groenten.
• Problemen (ziektes, leidingbreuk, pompfalen, enz.) hebben een invloed op zowel de vissen als de planten.
• Bij gebruik van NFT of Deep water culture (rafts) moet voldoende mechanisch gefilterd worden.

Daarnaast bestaat ook het ontkoppelde systeem.
Dat betekent dat de kringloop van de vissen los staat van die van de planten. Elk systeem heeft zijn eigen kringloop:
de vissen hebben een eigen filter met biofiltratie en
de planten hebben een eigen kringloop via een vat voor controle en aanvulling van nutriënten.
Het afvalwater (gewoonlijk van de filters) dat veel nutriënten bevat vloeit (veelal via een denitrificatiecyclus) af naar de mengtank van de planten, maar er keert geen water terug.

Ook deze systemen hebben voor en nadelen:

• Er is een scheiding mogelijk in temperatuur, bijvoorbeeld door warm water vis te kweken in combinatie met koud water groeisystemen of omgekeerd.
• Er is geen terugkerend water van de groeisystemen, waardoor extra voedingstoffen kunnen worden toegevoegd zonder gevaar voor de vis.
• De oplopende nitraatgehaltes bij de vis zijn moeilijker te controleren. Er moet dus goed gemeten worden om de hoeveelheid afgevoerd water te bepalen.
• Het is technisch complexer en duurder, o.a. door het gebruik van meerdere pompen en betere filtratie.